FBI-agenten Sean Archer(travolta) som skulle mördas av terroristen Castor Troy(Cage) sex år tidigare, men Seans son Michael dog istället. Sean Archer, som jobbat med detta fall i sex år, får till slut fast Castor Troy och kan äntligen avsluta fallet.

Men då får man veta att Castor "Cas" Troys lillebror, Pollux Troy, har tillverkat en bomb och att Cas själv har aktiverat den i ett stort konferenscenter, där många människor tillbringar sin dag. Den enda utvägen för Sean och resten av invånarna i L.A är att Sean måste bli Cas och få reda på koden som avaktiverar bomben. Pollux Troy är den enda som kan denna kod, men Sean får bara reda på var bomben är placerad. För under tiden har Castor, som legat i koma, plötsligt vaknat. Alla som kände till att Sean har bytt ansikte med Castor har blivit dödade, men först efter att Castor antagit Seans skepnad. Alla tror att den gode är ond. Och alla tror att den onde är god.